从拜上帝教的初创，到其教义的定型，与基督教都有一定关联，但二者之间有本质上的不同。拜上帝教没有自己明确而集中的经典，它的教义是通过诸多文献零散地体现出来。太平天国定都南京后，曾把《旧遗诏圣书》和《新遗诏圣书》作为官书刊刻颁行。两书分别包含有基督教圣经的旧约和新约的部分内容，似乎以此作为经典来对待。但洪秀全又明确说其“有错记”，对其进行了诸多修改，加了很多批注将之改称为：《钦定旧遗诏圣书》和《钦定前遗诏圣书》。并又宣布以其本人着的《天命诏旨书》作为“真约”与前两书并列。《天命诏旨书》与基督教圣经的本质内容有天壤之别。洪秀全对基督教新旧约的修改和批注，也明显地体现出拜上帝教与基督教教义上的重要的区别。尤其在上帝观上的不同，更加显出其同基督教间的相异之处。
1.“一体”还是“三体”
“三位一体”是基督教最基本的教义之一。他们承认：圣父、圣子、圣灵各有其位格，即三个位格，三者虽各有其工作分工，但并非是三位独立的神，而是一神的不同位格，并认为：圣父上帝是设计者，圣子耶稣是执行者，圣灵是监察者。
拜上帝教则对此不能理解和认同之，而坚持“三位三体”说：耶和华是独一真神，基督是上帝的太子不是上帝，“分明上帝是上帝，基督是基督”；圣灵则是东王杨秀清。他在《钦定前遗诏圣书?约翰上书》第五章批注中说：上帝独一至尊，基督是上帝太子，子由父生，原本一体合一，但父自父，子自子，一而二，二而一也......圣灵东王是上帝爱子，与太兄及朕同一母所生，在未有天地之先者，三位是父子一脉亲。
基督教虽然也像犹太教一样奉耶和华为独一真神，但自耶稣降世，被钉十字架，三天复活升天后，耶稣的门徒们便开始传扬以耶稣基督为核心的基督教。基督教的基本教义认为：耶稣降世为人，即是个完全的人，同时仍是三位一体中的一位有位格的神。
在拜上帝教中，耶稣一直没有获得这样的地位，他是作为上帝的“太子”，不能和耶和华一起享受至尊之神的待遇，只配受“次尊”，也不能称“帝”，亦只称“主”。这个所谓“主”是区别于独一真神上帝的世俗性的一种称谓，与基督教里所称呼的“主”不同。总之，在拜上帝教中，耶稣是被明显贬低了，失去了他在基督教中的神性和地位。德国学者魏克德研究指出：记述耶稣身世及其门徒行为的《新约全书》，洪秀全仅在证明他自己是耶稣的兄弟时才用......，我们看不出他对耶稣的实际降世为人的目的，有什么真正的认识，也看不出他对耶稣的品格......有什么理解。基督救赎论也不能被拜上帝教理解和接受，按其所说，东王杨秀清是圣灵的化身兼“赎病主”。
2. 有形或无形
基督教经典和教义中强调上帝是个灵体，是人未曾看见的，也不能看见。而拜上帝教中的上帝则始终具有明显的人神同形的特征。其上帝的形象在“丁酉异梦”，《太平天日》中的描述是：天父上主皇上帝，头戴高边帽，身穿黑龙袍，满口金须托在腹上，相貌最魁梧，身体最高大，坐装最严肃，衣袍最端正，两手覆在膝上。
这位上帝不但有形，而且和凡人一样有妻室子嗣，不但在天界，还能经常下凡附体传言。他们认为耶稣降世为人是神下凡附体人身上。鉴此，有的外国传教士这样评论说：“人神同形论，十分显著。上帝由天上远来下凡，描写得似俗人一般无异。自吾人观之，自觉其荒谬不能堪。”
表面看来，拜上帝教似乎也能接受上帝纯灵观。如太平天国将新教传教士麦赫斯所著的《天理要论》前八章刊刻颁行，作为太平天国官书之一。该书强调：“上帝纯灵，乃极清之灵”，无数目之算，无男女之分，无限无量，无方无向，无穷无尽，无初无终，无生无死，无时不在，无所不能。 实际上，这种远比人神同形抽象玄妙的神学观念，洪秀全之辈是不能真正理解和接受的。这种理论也同拜上帝教的诸多基本教义相抵触，到头来，该教所接受的仍是人神同形观。就在新刻《天理要论》的同年（1854年），东王杨秀清在给一位英国官员的诰谕中，曾就上帝形体问题提出一系列质问：如你们西洋人有人识得上帝多高？面孔何样颜色，腹多大？长着怎样的多长的胡须？戴什么样的帽子？穿什么样的袍子？会题诗吗？题诗有多快捷？了解他的脾性、气量吗？等等。
3. 渗入民间宗教仪式
从宗教礼仪上看，拜上帝教与基督教大为不同。
基督教新教只保留洗礼和圣餐两种圣礼。这是被新教的信徒们公认的基本礼仪活动。
拜上帝教则不同，它只有洗礼一事而一直没有圣餐，即使洗礼也和基督教所行的不同。它们的洗礼是在神台上置明灯两盏，清茶三杯，立具名的忏悔状，由受洗者自己朗诵后用火焚化，表示使达上帝神鉴。这其中有中国习用的祭祀方式的移植。此外，像生日满月，迎亲嫁娶，入殓出丧，日常作灶、建屋、堆石、动土等事，都用牲礼茶饭祭告皇天上帝，并各有特定的祷告“奏章”。这也是拜上帝教仿自民间宗教习俗而设立的。
总之，从经典教义到礼仪活动，拜上帝教与基督教都显然不同，特别是经典教义方面更具实质性的差别。
4. 洪秀全为何接受上帝
洪秀全接受上帝的原因之一，主要是中国古典文献中也多次提出，上天、昊天、上帝的观念，中国古代典籍有很多这方面的记载，梁启超曾说：“古代之天，纯为有意志的人格神。”“与旧约全书所言酷相类。”正因为如此，昔日的利玛窦在中国传教时能“借天发挥”，而洪秀全对《劝世良言》仲介绍的那个“神天上帝”，在感到新鲜时又不全然陌生，有似曾相识之感。他就是带着这样的对“上帝”的认识，接受了外来的“神天上帝”的。他认为：“神天上帝”并非来自西洋，他本是天下共有的。中国古代直到夏商周三代，就同外国一样，都同行在敬拜“皇天上帝”这条大路上。只是人家沿此路一直走下去，而中国则到秦汉以后，差入歧路。现在敬拜上帝，只不过是使人重新回到当初的正路上去。洪秀全引用中国诸多典籍中带有“皇天上帝”字眼的语句，来证明中国 古代敬拜上帝的事实。
事实上，中国古代人所指的上帝和基督教中提到的上帝存在着本质的不同：基督教中的上帝是唯一的神，而中国古代人所指的上帝是泛指多神的，如：至高至尊的昊天上帝之下，还有各种各样的神，犹如一个庞大的家族。?基督教的三位一体的神观是基督教的正统教义。而中国古代人眼中的上帝观，自春秋战国后，渐渐发生了很大的变化，而越往后就越沿着两个趋向分化：一面是以抬头可见的自然实体来认识它；一面则用人间伦理法则的神圣性来同化它。两者都是对先前与“上帝”同义的“天”的质的变异。
在中国传统的上帝和基督教的上帝之间，拜上帝教如何取舍？从拜上帝教创立者的主观意图上说，太平上帝是独一真神，拜上帝教应属一神论宗教。但事实上，由于它没有基督教三位一体那样的神学教义，就使其一神论存在着明显的破绽和漏洞。耶稣是上帝的太子，上帝以灵体的形式下凡来时要附别人之体传言，事毕后即告升天。如从信仰一个灵体还是多个灵体来区别一神论和多神论，那么拜上帝教实际上是多神论宗教。太平天国的一神论，实际上是“一帝论”。
5. 中西合璧
太平天国的诞生，是吸收了基督教的部分教义，又大量取材于华夏本土文化，使二者掺合杂糅。它是中西合璧以中为本，虽中西成分的轻重主次不同，但二者却相辅相成，缺一不可。对太平天国来说，这一合壁的妙用在于：基督教教义本身并无确定的社会内容，而中国传统文化丰富的素材有很大的回旋择取的余地。洪秀全则有意识地根据需要，从二者中选材结合改造利用。拿基督教独一真神的教义与中国古代的“上帝观”相附会，一方面用以否定从秦朝至清朝历代君王统治的合法性（他们不但不是奉天成运的天子，而是一群罪人），另一方面又为自己真正“天子”的身份，制造了神圣的根据。又将基督教的平等思想，与儒家思想中“天下为公”的大同说相结合，形成了太平天国的独具特色的平均思想。
出于对太平上帝的信仰，太平天国的军民所产生的宗教热情的鼓舞力，宗教认同的凝聚力，宗教道德的约束力，宗教神秘的威慑力，宗教氛围的感染力，对维系革命队伍，激励战斗情绪，保持理想信念，确实起到了极大的作用。洪秀全把天上天国，落实为对渴求摆脱现实苦难的人民有着极大吸引力的“地上天国”，又使这地下天国始终带有天上天国的幻影，笼罩着一种神秘的色彩，构成太平天国的一大特色，这离不开对这中西合璧的太平上帝的妙用。因太平上帝与基督教的上帝的“亲缘”关系，很多外国传教士可方便地出入太平天国，但当他们看清了太平上帝及他们赖以存在的“天国”的真面目时，不免发出了“真理既然在起义者心中消失，其权力也将随之消失”的感叹。
满清政府在征讨“太平天国”的行动中，因太平上帝有几分“洋气”，而激起了他们更大的仇恨。湘军首领曾国藩在他的《讨粤匪檄》中写到：自唐、虞、三代以来，历世圣人扶持名教，敦叙人伦，君臣、父子、上下、尊卑，秩然如冠履之不可倒置。粤匪窃外夷之绪，崇天主之教——举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子之所痛哭于九原，凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也。
这篇文章的煽动力之大难以估量。多少“知书达礼”的文弱士子闻之，顿然拍案而起投笔从戎。他们要维护的，不仅仅是清王朝，更有“开辟以来之名教”在他们心目中，是天经地义而不可变更的。曾国藩的这种渲染，也同时产生了另外一种效用，那就是使士子们从现实的动乱中，看到“洋教”对中国正统文化的冲击，对中国社会所产生的破坏力，导致事后很长的时间里，使他们一提到洋教便与太平天国的“可怖”图景联系起来。这种一朝被蛇咬，十年怕井绳的神经过敏，成为日后发生的大规模反洋教运动的激素之一。这种对基督教的偏见影响至今仍未消除净。
